器质性便秘是指由于腹腔内、大肠、肛门内等脏器发生器质性病变或如消化道疾病、内分泌代谢疾病、yao 物及化学品中毒、神经系统疾病等，直接或间接阻碍和影响粪便的正常通过和排出而发生的便秘。

如果是没有精神压力，饮食生活正常，也没有强忍便意未上厕所，找不出什么原因，却长年累月受到便秘困扰，就可能是器质性病变。器质性病变有两种：一是因大便难以通过肠管引起；二是因大肠形状异常引起。但是，最为严重的是肠内癌肿堵住大便出口的情况。所以如果是原因不明的便秘，应当去医院检查。

例如：大肠肛门良性和恶性肿瘤，慢性炎症等所引起的肠腔狭窄变小，巨结肠症引起的直肠痉挛狭窄，手术后并发的肠粘连及不完全肠梗阻等；或腹腔内巨大肿瘤，如卵巢囊肿、子宫肌瘤，以及妊娠、腹水等压迫了大肠，使粪便通过困难；肠粘连及不完全肠梗阻的病人，均可出现便秘。上述情况，便秘常常不是病人的惟一症状，大多数病人还会出现原发病的表现。

患这种便秘者，必须重视针对原发病的治疗，部分便秘病人甚至需通过动手术等解除病因，否则，便秘最终不会得到解决。